Ingénieur Bio-Informaticien en Traitement de Données Omiques H/F

Détail du poste Structure Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine - UMR INSERM 1262 dirigée par Eric PINAUD A propos de la structure Les travaux de recherche du laboratoire sont consacrés à l'étude de la lignée cellulaire B, notamment à travers l'étude des régulations moléculaires et cellulaires qui contrôlent son développement et son homéostasie, en physiologie comme en pathologie. Mission principale Contribuer au développement et à la mise en oeuvre d'approches bioinformatiques innovantes visant à caractériser les mécanismes moléculaires impliqués dans l'activation, la différenciation et la transformation maligne des lymphocytes B humains. La personne recrutée participera à l'analyse, l'intégration et l'exploitation de données de séquençage à haut débit générées au laboratoire (ainsi que de jeux de données publics), afin d'identifier de nouveaux mécanismes de régulation du génome et du transcriptome des cellules B physiologiques et pathologiques. Activités principales - Développer et mettre en oeuvre des pipelines d'analyse de données de séquençage (RNA-seq, long-read Nanopore, LAM-HTGTS, INDUCE-seq, direct RNA-seq, etc.) - Contribuer à l'analyse des données de transcriptomique afin d'identifier et caractériser des ARN codants et non codants (ARN circulaires, eRNAs, etc.) - Participer à l'analyse des données de séquençage visant à cartographier les cassures double brin de l'ADN et les événements de recombinaison génomique - Réaliser les données de séquençage longue lecture (Nanopore) pour la caractérisation de transcrits complexes et de réarrangements génomiques - Intégrer et réanalyser des jeux de données publics (RNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, etc.) - Assurer l'organisation, la traçabilité et la reproductibilité des analyses bioinformatiques (gestion des scripts, versions, pipelines et données) - Participer à l'interprétation biologique des résultats en interaction étroite avec les chercheurs et étudiants de l'équipe - Assurer une veille scientifique et technologique dans les domaines du séquençage haut débit, des technologies longue lecture et de l'analyse de données o... Le profil recherché ConnaissancesParticipation à l'analyse de données de séquençage haut débit et de données omiquesTranscriptomique et génomique fonctionnelleNotions de biologie moléculaire, génétique et régulation de l'expression géniqueDes connaissances en immunologie et/ou cancérologie constitueraient un atoutSavoir-faire Compétences dans la collecte, le traitement et l'analyse de données de séquençage (contrôle qualité, alignement, etc.)Utilisation d'un cluster de calcul via un ordonnanceur de tâches (type SLURM)Travail sous environnement Linux/UnixMaitrise du langage RAnglais scientifiqueAptitudesAppétence pour l'analyse et l'interprétation de données biologiquesCapacité à communiquer dans un environnement scientifique pluridisciplinaireTravail en équipe, sur plusieurs projets en parallèleExpériences(s) souhaitée(s)Expérience préalable en bioinformatique appliquée aux données de séquençage haut débitUne expérience en transcriptomique, s&...