Ingénieur de Recherche en Bio-Informatique H/F

Détail du poste Mission Dans l'équipe Infections Persistantes et Inflammation Chronique (IPIC) du Laboratoire Interdisciplinaire pour l'Innovation et la recherche en Santé Orléanais (LI2RSO) de l'Université d'Orléans, localisée au CHU d'Orléans, votre mission sera de contribuer à la recherche en bactériologie-virologie par des développements bio-informatiques. Activités principales En cohérence avec les orientations stratégiques de l'établissement et pour renforcer son attractivité, vos activités seront les suivantes : Analyse et traitement des données: - Analyser les données générées par les activités de séquençage haut débit (Next Generation Sequencinq, NGS) en développant des outils bioinformatiques ajustés à chaque question biologique (génétique des populations, évolution moléculaire, phylogénétique...) - Définir un plan d'étude et de recueil des données le plus adapté au problème posé - Interpréter les résultats et avoir le regard critique sur les données générées dans le contexte de la recherche - Gérer les bases de données, y compris les données de santé et les systèmes d'information pour stocker et partager les données Développement et maintenance des applications bio-informatique : - Développer et maintenir les applications bio-informatiques et gérer les outils et les équipements nécessaires - Assurer la veille scientifique et technologique dans son domaine d'activité - Participer aux développements bio-informatiques translationnels - Fournir une expertise informatique et technique Gestion des projets bio-informatiques : - Assurer la mise en place, la gestion et la coordination des projets bio-informatiques - Contribuer à l'obtention de financements de recherche - Collaborer avec les chercheurs pour intégrer les résultats des analyses dans les projets de recherche - Participer aux différentes réunions en lien avec l'activité - Participer à la formation et à l'encadrement d'étudiants et stagiaires (master, doctorants et chercheurs postdoctoraux) - Assurer la sauvegarde des données - Réaliser des rapports et des présentations pour communiquer les résultats - Participer à la rédaction des publications scientifiques Le profil recherché Profil recherchéFormation et expérience professionnelleFormation Doctorat en bio-informatique, ou diplôme d'ingénieur en bio-informatique ou équivalent.Expertise en bio-informatique, notamment en analyse de données biologiques, en génomique (idéalement génomique microbienne), etcExpertise en informatique, notamment en programmation (Python, R, Java, etc), en base de données, en synthèses d'informationMaîtrise de l'environnement LinuxMaîtrise des outils BLAST, GenBank, etcMaîtrise des outils statistiques en bio-statistiquesConnaissance approfondie sur les technologies de séquençage à haut débit (NGS) et les données qu'elles génèrentConnaissance en biologie moléculaire, en génomique microbienne et en microbiologie cliniqueMaîtrise de l'anglais (écrit et parlé) B2 à C1Compétences et qualités requisesExpertise scientifique et technique avec esprit d'analyseCapacité à travailler en équipe et à communiquer efficacement les résultats des analysesCapacité à gérer les priorités et les délais pour réaliser les projets de rechercheCapacité à apprendre et à s'adapter aux nouvelles technologies et aux nouveaux outils bio-informatiquesCapacité à résoudre les problèmes et à trouver des solutions créativesCapacité à évaluer les résultats des analyses et à les interpréter dans le contexte de la rechercheParticiper aux différentes réunions en lien avec l'activitéCapacité à rédiger des rapports et participer à la rédaction d'articles scientifiques pour présenter les résultats des recherchesCapacité à présenter les résultats des recherches à des auditoires variés (chercheurs, étudiants, professionnels de la santé, etc.)Respect des règles d'hygiène et de sécurité et maîtrise des risquesDevoir de réserve, confidentialité et aptitude à porter les valeurs de la structure