Thèse Identification par la Modélisation de Stratégies de Déploiement de la Résistance Variétale et des Traitements Phytosanitaires pour une Gestion Réactive Efficace Durable et Rentable des Malad H/F

Détail du poste Établissement : Avignon Université École doctorale : Agrosciences et Sciences Laboratoire de recherche : PV - Pathologie végétale Direction de la thèse : Loup RIMBAUD ORCID Début de la thèse : Date limite de candidature : 2026-07-31T23:59:59 Les agents pathogènes ont la capacité évolutive de contourner les résistances génétiques et les substances actives auxquelles ils sont confrontés. Ainsi, les stratégies de lutte génétique et chimique doivent être non seulement efficaces (du point de vue épidémiologique), mais aussi durables (du point de vue évolutif). Par ailleurs, elles doivent également être rentables (du point de vue économique) pour être appliquées sur le terrain. Nous proposons donc d'identifier des stratégies de lutte efficaces, durables et rentables, en nous appuyant sur le cas de la cercosporiose noire du bananier aux Antilles. Cette maladie, causée par le champignon Pseudocercospora fijiensis, est responsable de la majorité des traitements phytosanitaires dans toutes les régions de production de banane du monde, du fait que ces dernières s'appuient essentiellement sur la monoculture de variétés particulièrement sensibles. Aux Antilles, où cette culture constitue un secteur clé de l'économie locale, les épidémies ont des conséquences très lourdes, dans un contexte de réduction de l'usage des pesticides et de retrait de molécules encore utilisées. Le déploiement de variétés résistantes constitue donc un levier majeur pour le contrôle de la maladie. Pour s'affranchir des contraintes logistiques associées à l'expérimentation de terrain à grande échelle, nous utiliserons un modèle de simulation spatiotemporel qui a déjà fait ses preuves sur d'autres pathosystèmes : landsepi. Ce modèle simule la propagation et l'évolution d'un agent pathogène dans un paysage agricole et permet de mesurer les performances épidémiologique, évolutive et économique de différentes stratégies de lutte. Le modèle sera donc amélioré pour prendre en compte l'adaptation conjointe de l'agent pathogène à la résistance génétique et aux substances actives, ainsi que pour simuler des stratégies adaptatives, mises à jour au fil du temps en fonction de la situation épidémio-évolutive. Des stratégies de lutte, co-construites avec la profession agricole, pourront alors être évaluées de sorte à en identifier les variantes optimales, qui seront proposées comme alternatives à la gestion actuelle de la cercosporiose noire du bananier aux Antilles. La filière banane d'exportation représente quelque 24 millions de tonnes au niveau international. La production est essentiellement située en zone tropicale humide où la pression des maladies et ravageurs est forte, avec notamment la maladie de la cercosporiose noire, provoquée par le champignon Pseudocercospora fijiensis (Carlier et al. 2024). Une des singularités de cette filière de production est qu'elle repose essentiellement sur la monoculture des Cavendish, un groupe de variants possédant une diversité extrêmement réduite et sensible à la cercosporiose noire (Perrier et al. 2011). Ensuite, la très grande majorité des systèmes de production s'organise sur un mode très intensif où le recours à la lutte chimique systématique est la règle. On estime que la filière banane d'exportation utilise au niveau mondial 30 000 tonnes de matière active par an, dont les 70 à 80% représentent des fongicides visant à contrôler la cercosporiose noire (De Lapeyre de Bellaire, 2023). Aux Antilles, la production de bananes pour l'exportation représente environ 200 000 tonnes par an et de façon directe et indirecte près de 10 000 emplois. La filière est le premier employeur agricole de Guadeloupe et de Martinique. Si les structures de production peuvent être qualifiées de très petites exploitations à l'échelle mondiale (la majorité des plantations représentent moins de 20 ha aux Antilles), elles constituent un secteur clef de l'économie des deux îles. Cependant, la généralisation de la cercosporiose noire à l'ensemble des zones de production antillaises a des conséquences très lourdes sur la productivité (baisse du rendement, fragilité des fruits) et sur les coûts de production (mobilisation de main d'oeuvre). Le système de production se rapproche alors d'un point de rupture, notamment économique. Dans ce contexte, la poursuite de la réduction de l'usage des pesticides et la pérennité même des cultures sont en très grande partie liées à la capacité de déploiement de variétés résistantes. Cette nouvelle étape s'inscrit également dans un contexte de retrait des molécules encore utilisées (mancozèbe par exemple). Question de recherche : Quelles stratégies de déploiement de la résistance et des traitements phytosanitaires pour une gestion efficace, durable et rentable de la cercosporiose noire du bananier ? - Utilisation du modèle landsepi, disponible sous forme du package R, pour réaliser les expériences numériques par des plans de simulation ciblés sur les questions de recherche. - Amélioration du modèle pour implémenter l'adaptation conjointe à la résistance variétale et aux traitements phytosanitaires, ainsi que la possibilité de stratégies adaptatives. - Ateliers de co-construction de stratégies de gestion pertinentes avec la profession agricole (sur place en Guadeloupe). Le profil recherché - Gestion de projet (de thèse) et travail en équipe- Formulation de questions de recherche, bibliographie, design expérimental, réalisation d'expérimentations (numériques), analyse de données, rédaction, communication- Epidémiologie végétale- Evolution des agents pathogènes- Modélisation- Programmation en R et C- Simulation numérique